EDIの受注は対応会社が増えるたびにシステム費用が発生しませんか?

いいえ、桜では幅広くいろいろな得意先に対応するための機能があります。

最初に得意先ごとにEDIデータの項目と桜の項目を結び付けます。
その後は、EDIで受け取ったCSVデータをそのまま受注データに取り込むことができます。